琼脂糖凝胶电泳的优点

• 对于大多数应用，仅需要单组分琼脂糖，不需要聚合催化剂。因此，琼脂糖凝胶制备简单，快速。
• 凝胶易于倒入，不会使样品变性。
• 样品也可以回收。

琼脂糖凝胶电泳的缺点

• 凝胶在电泳过程中会融化。
• 缓冲区可能耗尽。
• 不同形式的遗传物质可能以不可预测的形式运行。