在CE中，用水制备缓冲液，空白样品，标准液并冲洗毛细管。为了增强CE系统的性能，重要的是使用不含污染物的水。

颗粒
用于制备缓冲液的水中存在颗粒可能会堵塞毛细管。 

离子
为了获得可重现的结果，缓冲液的离子强度需要在每次运行之间保持恒定。用于制备缓冲液的水需要始终保持低离子污染。

有机物
被有机物严重污染的水可能导致电泳峰出现伪峰，和/或导致背景增加，这可能意味着灵敏度降低。