与其他分析方法（如HPLC，GC，SDS-PAGE）相比，毛细管电泳提供了更多的优势，其中包括分析速度，分析成本和简单的方法开发。首先考虑的是所需系统的类型。毛细管电分离有多种方法，包括毛细管区带电泳，毛细管等电聚焦，毛细管凝胶金沙4066线路检测等。第二个考虑因素是系统的吞吐量; 仪器可以运行多少个样品。